Sekvenciranje naslednje generacije (NGS) je v zadnjem desetletju postalo osrednja metoda v klinični diagnostiki prirojenih bolezni. Njegova visoka zmogljivost omogoča iskanje vzročnih patogenih sprememb skozi celoten genom, pri čemer pa sam postopek zaradi velike količine generiranih podatkov zahteva uporabo posebnih bioinformatskih orodij. Eden ključnih korakov v analizi je pravilna poravnava pridobljenih zaporedij na zaporedje referenčnega genoma, čemur sledi določitev prisotnih genetskih sprememb. Ozko grlo v analiznem postopku trenutno predstavlja anotacija sprememb, kjer je za odkrite spremembe v genomu treba določiti, če so patogene ali benigne, ter če lahko njihova prisotnost v genomu pojasni klinično sliko preiskovanca. Svojevrstno etično dilemo predstavlja tudi način ravnanja ob odkritju sprememb, ki so sicer patogene, vendar niso neposredno povezane s klinično sliko. V tem preglednem članku je opisan potek uporabe NGS v klinični diagnostiki prirojenih bolezni, ki je dodatno predstavljen na primeru bolnika s prirojeno katarakto.